Así viaja el coronavirus por Andalucía: las conexiones clave entre Granada, Sevilla y Málaga desde febrero

Granada-Sevilla-Málaga es el triángulo de desplazamientos y contactos que entre febrero y marzo de este año fue clave en la expansión del coronavirus por Andalucía, hasta alcanzar casi toda su geografía. Una herramienta interactiva con la que trabajan científicos de esta Comunidad permite ver en solo unos segundos, como si fuera un viaje en el tiempo, dónde y cuándo surgieron y se expandieron los casos analizados durante la primera ola, entre febrero y junio de este año. Pero también tiene marcha atrás, secuencias y cámara lenta para detenerse y analizar cualquier momento, como una vuelta al pasado.

El estudio andaluz sirve para demostrar cómo el análisis genómico del virus puede mejorar la vigilancia epidemiológica en el ámbito local a tiempo real, es decir, contribuir a mejorar los conocidos rastreos. Apoyado en una completa herramienta interactiva (de gran impacto visual para el público en general y con contenido científico para los expertos), el trabajo incluye la posibilidad de filtrar miles de puntitos (que corresponden a cada caso) por el momento del diagnóstico, por ámbitos geográficos y hasta por centros de salud. Así, es posible conocer la procedencia y el linaje del virus de cada municipio y hasta de un barrio. También se puede saber el origen de los contagios, si es familiar, de trabajo, de comunidad, sanitario...

A un solo golpe de click en el play del mapa, que es la parte más visual para los menos expertos, se puede hacer un recorrido temporal desde los primeros casos andaluces a principios de marzo (con el rastreo del origen de los contagios desde otoño de 2019) hasta el final de la primera ola. Las líneas se mueven por el mapa en una especie de viaje del coronavirus por Andalucía.

Al poner el interactivo en modo temporal por colores, según los meses, es evidente que la mayor parte de las líneas de conexión entre ciudades y municipios es de color azul, que corresponde a los inicios de la epidemia (febrero y marzo), cuando era menos conocido el virus y no había limitación de movimientos entre la población. También coincide que los tres núcleos interrelacionados donde se centran los primeros casos con muestras incluidas son tres centros de afluencia turística de primer orden en Andalucía.

El estudio, en el que se ha trabajado con un millar de muestras, no es, por tanto, un análisis exhaustivo de todos los casos de coronavirus que se han detectado en Andalucía, pero permite establecer las claves de cómo ha evolucionado el virus, sus diferentes procedencias, familias genéticas y mutaciones. Los expertos consideran que es importante aplicar estos conocimientos a la vigilancia epidemiológica en tiempo real para mejorar el seguimiento de ésta y otras pandemias. En realidad éste es el verdadero objetivo del estudio, comprobar su utilidad para un uso más generalizado en el día a día de la vigilancia epidemiológica.

Los primeros casos que aparecen corresponden sobre todo a Granada entre el 3 y 4 de marzo, pero el gráfico interactivo muestra cómo se desplaza inmediatamente hacia Sevilla, desde donde vuelve a la misma provincia de origen, a la vez que se establecen otras conexiones, sobre todo con Málaga, que también registra uno de los casos primitivos.

Un poco más arriba del mapa hay un árbol filogenético del virus que permite rastrear el origen de cada uno de los casos, marcado con una bola de color, así como las diferentes ramificaciones de la pandemia en Andalucía durante la primera ola, desde su origen. Al pinchar en cada uno de los casos, que son más antiguos cuanto más a la izquierda se encuentren, aparecen los detalles conocidos. Del mismo modo que ocurre con el mapa, es posible filtrar este árbol por lugares concretos, por linajes del virus o por procedencia del centro que los analizó.

El trabajo es fruto de un consorcio, compuesto por 14 hospitales que cubren todas las provincias de Andalucía, los 5 Institutos de Investigación Sanitaria de Andalucía, la Subdirección Técnica de Gestión de la Información, la Dirección General de Salud Pública (Servicio de Vigilancia Epidemiológica y Salud Laboral) y la Fundación Progreso y Salud.

Se ha utilizado la red de centros de diagnóstico de la comunidad andaluza y los institutos de investigación sanitaria y centros asociados (entre ellos Genyo) para secuenciar unas 1.000 muestras del virus SARS-CoV-2 cubriendo toda Andalucía y con una muestra amplia de las distintas tipologías de pacientes (edad, sexo, complicaciones previas, tratamientos previos), así como los distintos cuadros clínicos observados y las respuestas a los tratamientos.

El mapa también permite acercar la gráfica hasta ver en detalle cada provincia, zona o municipio, como por ejemplo la capital y Área Metropolitana de Granada, que han sido las zonas más afectadas por los contagios en la pandemia.

Entre Granada, Sevilla y Málaga, que han sido tres de las ciudades que más han aglutinado los casos de coronavirus durante la pandemia, se visualiza una diferencia notable (sobre todo de la primera respecto a las otras dos) que es la atomización a su alrededor, porque la ciudad nazarí no es sólo un núcleo que engloba muchos casos, si no que además está rodeada de otros muchos municipios del Cinturón metropolitano que tienen suficiente entidad para ser dibujados como epicentros.

La secuenciación genómica sirve para conocer mejor el virus y definir sus características y comportamiento, ya que esta tecnología permite conocer y descifrar el código genético del nuevo coronavirus para poder combatirlo. En el estudio participan como investigadores principales Joaquín Dopazo (Fundación Progreso y Salud), Nicola Lorusso y Francisco Javier García León (Dirección General de Salud Pública), Federico García (Hospital San Cecilio) y José María Navarro (Hospital Virgen de las Nieves).

También analiza otras epidemias: listeria

Para el desarrollo de esta herramienta interactiva ha sido clave el trabajo del Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud (FPS), que ha sido concebida como pieza del plan de Medicina Personalizada de la comunidad andaluza, para facilitar y dotar de herramientas para la inclusión de la datos genómicos del paciente en la historia clínica electrónica.

Esta Área desarrolla algoritmos y métodos innovadores para el análisis de datos genómicos de pacientes, combinado con la producción de software de calidad específicamente diseñado para ser utilizado por usuarios finales clínicos. Así se acercan a la práctica clínica algoritmos complejos para el manejo de datos genómicos de forma transparente para ellos.

Por tanto, del mismo modo que se pueden ver los resultados de las muestras de coronavirus, a través de esta misma herramienta es posible analizar otras epidemias, como la reciente de listeria. El interactivo también marca los casos, las transmisiones, las zonas más afectadas y los contagios en lugares tan alejados de Andalucía como Bilbao, Austria o Marruecos.